NÜKLEİK
ASİTLERİN KEŞFİ ve ÖNEMİ
NÜKLEİK ASİTLERİN KEŞFİ
- İlk defa T. Friedrick miescher 1869 yılında cerahatta (irinde) ve som balığı hücrelerinin çekirdeğinde görüldüğü için bu moleküllere çekirdek asidi anlamında nükleik asit adını vermiştir. Daha sonra yapılan araştırmalarda, çekirdek olsun olmasın tüm canlı hücrelerde bulundukları saptanmıştır.
BİLGİ:
Ayrıca tüm hücrelerin yapısındaki proteinlerin farklı olması ve proteinleri oluşturan amino asitlerin 20 farklı çeşidinin bulunması, proteinlerin kalıtsal bilgiyi taşıdığına olan inancı güçlendiriyordu.
- İlk olarak Friedrich Miescher tarafından keşfedilen nükleik asitlerin yapısı, o zamana kadar kalıtsal bilgiyi taşıdıkları kabul edilen proteinlerin yapısından daha farklıydı. Proteinlerin yapısındaki bazı amino asitler kükürt taşımaktaydı ancak nükleik asitlerin yapısında hiç kükürt bulunmuyordu. Proteinlerin yapısında 20 farklı amino asit bulunmasına rağmen nükleik asitler 4 farklı nükleotitten oluşuyordu.
- 1944 yılında Oswald Avery (Ozvıld Evıri, 1877-1955), Colin MacLeod (Kolin Meklod, 19091972) ve Maclyn McCarty (Maklin Mekkarti, 1911-2005) adlı bilim insanları daha önce 1928 yılında Frederick Griffith (Frederik Griffit, 1879-1941) tarafından yapılmış olan deneyleri temel alarak gerçekleştirdikleri deneyle DNA’nın genetik madde olduğunu ispatlamışlardır.
- Bu deneyde zatürreye neden olduğu bilinen Streptococcus pneumoniae (Streptokokus pnömoni) bakterisi kullanılmıştır. Bu bakterinin iki formu vardır. Kapsüllü olan form zatürreye neden olurken kapsülsüz form bu hastalığa neden olmamaktadır. Griffith, bu bakterilerle yaptığı deneyler sonucunda kapsüllü canlı bakterilerin hastalığa neden olduğunu, kapsülsüz canlı bakterilerin ve ısıtılarak öldürülmüş kapsüllü bakterilerin hastalığa neden olmadığını belirlemiştir.
SONUÇ:
1944 yılında Avery, MacLeod ve McCarty yaptıkları deney ile Griffith’in deneyinde ölü kapsüllü bakterilerden canlı kapsülsüz bakterilere geçen, genetik bilginin taşınmasında görevli maddeleri bulmuşlardır.
Bu
deneyde; ısıtılarak öldürülmüş kapsüllü bakterilerden elde edilen özüt, üç ayrı
ortamda
Proteaz (proteinleri parçalayan enzim)
DNAaz (DNA molekülünü parçalayan enzim)
RNAaz (RNA molekülünü parçalayan enzim)
enzimleri
ile bir arada tutulduktan sonra her üç ortama da canlı kapsülsüz bakteriler
eklenmiştir. Elde edilen özüt, farelere enjekte edilmiştir. Buna göre; özüt, farelere enjekte edilmiştir. Buna göre;
SONUÇ:
Bu bakterilerden sadece DNAaz enzimi ile müdahale edilen özüt, farede
zatürreye neden olmazken diğer bakteriler yine kapsül yapma yeteneği kazanmış
ve farede zatürreye neden olmuştur.
Öyleyse DNAaz, kapsüllü bakterilere ait DNA moleküllerini parçalamış, böylece
kapsülsüz bakterilerin kapsül yeteneği kazanmasına engel olmuştur.
Bu deneyle, kapsüllü bakterilerden kapsülsüz bakteriye geçerek kapsül
oluşumu sağlayan yani hastalık yapma özelliği taşıyan transformasyon ajanının
DNA olduğu bilgisine ulaşılmıştır.
NÜKLEİK ASİTLERİN ÖNEMİ
- Nükleik asitler, organizmaların genetik bilgiyi bir nesilden diğerine aktarmasına izin veren moleküllerdir.
- Nükleik asitler, hücre çekirdeğindeki genlerden hücrenin diğer kısımlarına bilgi aktaran mesaj molekülleridir, hücrenin yapısal özelliklerini ve yaşamsal fonksiyonlarını düzenler.
Örneğin, canlılarda enerji üretimi, protein
sentezi, hücre bölünmesi gibi yaşamsal olaylar nükleik asitlerdeki bilgilerle
kontrol edilir. Bu özelliklerinden dolayı nükleik asitlere yönetici moleküller de denir.
NÜKLEİK
ASİTLERİN ÇEŞİTLERİ ve YAPISI
NÜKLEİK ASİTLERİN YAPISI
- Nükleik asitler, nükleotid adı verilen yapı birimlerinden meydana gelir.
Bir nükleotidin yapısında ;
1. Azotlu organik bir baz,
2. Beş karbonlu bir şeker,
3. Fosfat grubu (fosforik
asit= H3 PO4 )
bulunur.
- Baz ve şekerin glikozit bağı ile bağlanarak oluşturduğu yapıya nükleozit denir.
- Nükleozite bir fosfat, fosfoester bağı ile bağlanarak nükleotid oluşur.
- Baz + Şeker = Nükleozit
- Aşağıda nükleik asitlerin yapı birimi olan bir nükleotidin yapısını oluşturan moleküller ve bağlar gösterilmiştir.
1.Beş karbonlu şekerler:
- Riboz ve deoksiriboz olmak üzere iki çeşittir
- Riboz, RNA’nın, Deoksiriboz ise DNA’nın yapısında bulunur.
- Deoksiribozda, riboza göre bir oksijen atomu eksiktir.
BİLGİ:
Nükleik
asitlerin isimlendirilmesi yapılarındaki 5 C’lu bu şekerlere (pentozlara) göre
yapılır.
2.
Azotlu organik bazlar:
Azot ve karbon atomlarının
halka şeklinde birleşmesi ile meydana gelir.
İki çeşittir.
a.Pürinler: Çift
halkalı, büyük moleküllerdir. Adenin (A) ve Guanin (G) olmak üzere iki
çeşittir.
b.Pirimidinler
:
Tek halkalı olup, küçük moleküllerdir. Timin (T), Sitozin (S veya C) ve Urasil
(U) olmak üzere üç çeşittir.
DNA’daki bazlar: A,T,G,C
RNA’daki bazlar: A,U,G,C
BİLGİ:
DNA’ya
özgü baz Timin, RNA’ya özgü baz ise
Urasildir.
3.
Fosforik asit (fosfat grubu= H3 PO4 ):
DNA ve RNA’da ortak bulunan
inorganiktir.
Kompleks moleküllerin yapısına
girdiği zaman fosfat grubu adını alır.
BİLGİ:
Nükleik asitlerin yapısında aminoasit ve peptid bağları bulunmaz.
- Canlılarda; DNA (Deoksiribo Nükleik Asit) ve RNA (Ribonükleik Asit) olmak üzere iki çeşit nükleik asit bulunur.
DNA
(Deoksiribo Nükleik Asit)
DNA, Prokaryot hücrelerin
sitoplazmasında, ökaryot hücrelerin çekirdek, mitokondri ve kloroplastlarında
bulunur.
BİLGİ:
Ökaryot
hücrelerin sitoplazmasında DNA bulunmaz. RNA sentezi de olmaz.
Prokaryot
hücrelerin sitoplazmasında DNA bulunur ve RNA sentezi de olur
- Bugün geçerli olan DNA modeli Watson-Crick modelidir.
- DNA molekülü sarmal (heliks) şeklinde kıvrılmış iki iplikten oluşmuştur.
- Yangın merdivenine benzeyen bu sarmal yapıda, merdivenin kenarında şeker ve fosfat molekülleri, basamaklarda ise pürin ve pirimidin bazları bulunur.
- Bazlardan Adenin ile Timin arasında ikili, Guanin ile sitozin arasında üçlü zayıf hidrojen bağları bulunur.
- Bu zayıf hidrojen bağları DNA çift sarmalını bir arada tutar.
- Her zaman A karşısına T, G karşısına C gelir.
- DNA’da nükleotidlerden birinin fosfatı diğerinin şekeri ile özel bir bağ yapar. Bu bağa 3-5 fosfo-diester bağı denir.
- Bir zincirdeki nükleotidler, fosfodiester bağları ile birbirine bağlıdır.
- Çift sarmalda bir iplikteki nükleotitlerin birbirine bağlanma yönü, öbür ipliktekilerin yönünün tersidir. DNA ipliklerinin bu düzenine antiparalel denir.
- DNA ipliklerin asimetrik olan uçları 5′ (beş üssü) ve 3′ (üç üssü) olarak adlandırılır, 5′ uç bir fosfat grubu, 3′ uç ise bir hidroksil grubu taşır.
DNA molekülünde karşılıklı iki zincirdeki bazların eşleşmesi
Bütün DNA’larda;
A = T
ve G = C ise A/T = G/C=1
A+C =
G+T
A+G =
T+C (pürin bazları = pirimidin bazları)
A+G/T+C
= A+C/G+T = 1
Toplam
nükleotit sayısı = (A+T)+(G+C)
H bağı
sayısı= Toplam Nükleotit sayısı + Guanin (Sitozin) sayısı
3G + 2T
veya 3C + 2A = Toplam H bağı sayısı
A+T/G+C
oranı türe özgüdür.
BİLGİ:
n = nükleotid sayısı olmak
üzere;
1.Sentezinde oluşan su molekülleri sayısı:
- DNA’nın en küçük bileşenlerinden (fosfat, şeker ve bazlardan) sentezlenmesi sırasında;
Tek zincir için: 3n-1= Su
Çift zincir için: 3n-2= Su
Nükleotidleri hazır
kullanılırsa;
Tek zincir için: n-1= Su
Çift zincir için: n-2= Su
2. Kurulan fosfodiester bağı
sayısı:
Bir zincirdeki fosfodiester
bağı sayısı = n-1
İki zincirdeki fosfodiester
bağı sayısı = n-2
BİLGİ:
Nükleotidler arasındaki hidrojen bağları, zayıf fiziksel bağlar olduğu için oluşumları sırasında su açığa çıkmaz, yıkımları sırasında da su harcanmaz.
RNA
(Ribonükleik Asit)
Prokaryot hücrelerde
sitoplazma ve ribozomda,
Ökaryot hücrelerde ise çekirdek, sitoplazma, ribozom, kloroplast, mitokondri gibi yapılarda bulunur.
- Tek nükleotid dizisinden oluşmuştur.
- Yapısındaki 5 C’lu şeker riboz’dur.
- Organik bazları adenin, guanin, sitozin ve urasildir. Timin bulunmaz.
- Protein sentezinde görev alır.
- Tek nükleotit zincirinden oluştuğu için kendini eşleyemez.
- Nükleotidleri fosfodiester bağları ile bağlanarak nükleotid zinciri oluşur.
- A- T, G-C eşitliği de yoktur
- Bütün RNA çeşitleri DNA’da bulunan şifreye göre sentezlenir.
- Sentezlenmesini sağlayan enzim RNA polimeraz, Hidrolizini sağlayan enzim ribonükleaz (RNAaz) dır.
- Bütün RNA çeşitleri protein sentezinde görev alarak hücredeki yaşamsal olayların yönetiminde DNA'ya yardımcı olur.
- Üç çeşit RNA vardır
Mesajcı RNA (mRNA),
Taşıyıcı RNA (tRNA),
Ribozomal
RNA (rRNA)
Mesajcı RNA (mRNA):
Sentezlenecek
proteinin amino asit dizisini belirleyen
bilgiyi DNA’dan alan alır ve ribozomlara
taşır.
Hücrede
en az olandır.
Toplam
RNA'nın %5'ini oluşturur.
Ribozomal RNA (rRNA):
Proteinlerle
birlikte ribozom organelinin yapısını oluşturur.
Protein
sentezi sırasında peptid bağlarının kurulmasında görev alır.
En
fazla olandır.
Hücrede
bulunan toplam RNA’nın %80’ini oluşturur.
BİLGİ:
RNA
çeşitlerinden tRNA ve rRNA kendi üzerinde katlandığı için hidrojen bağı içerir
ancak mRNA hidrojen bağı içermez.
Taşıyıcı RNA (tRNA):
Protein
sentezi sırasında kullanılacak
aminoasitleri ribozomlara taşır.
Hücredeki
toplam RNA'nın %15'ini oluşturur.
- RNA’nın her hücredeki miktarı farklılık gösterir. Örneğin kas hücreleri gibi protein sentezinin yoğun olduğu hücrelerde fazla miktardadır.
BİLGİ:
rRNA’nın
yapısı, tüm ökaryotlarda aynıdır. Bu nedenle sentezlenen proteinin yapısının ve
işlevinin belirlenmesinde rRNA’nın etkisi yoktur.
- Protein sentezinde görev yaparlar.
- Kendilerini eşleyemezler, DNA tarafından üretilirler.
- Tekrar tekrar kullanılabilirler.
- Yapılarında organik yapıda olan adenin, urasil, guanin sitozin bazları ile riboz şekeri, inorganik yapıda olan fosfat (fosforik asit) bulunur.
BİLGİ:
n
= nükleotid sayısı olmak üzere;
RNA
sentezinde açığa çıkan su molekülü sayısı: 3n–1 dir.
DNA ve RNA’nın Ortak Özellikleri:
Ökaryot hücrelerde çekirdek, çekirdekçik, mitokondri ve kloroplastlarda; prokaryot hücrelerde ise sitoplazma ve bulunması
|
DNA ve RNA’nın Farklı Yönleri
DNA |
RNA |
Timin bazı DNA’ya özgüdür. |
Urasil bazı RNA’ya özgüdür. |
Yapısında deoksiriboz şekeri vardır. |
Yapısında riboz şekeri vardır. |
Çift ipliklidir. |
Tek ipliklidir. |
DNA çift zincirinde; Adenin = Timin; Guanin = Sitozin |
Böyle bir eşitlik yok |
Kendini eşleyebilir ve onarabilir. |
Kendini eşleyemez ve onaramaz. |
Yıkılıp yeniden yapılamaz. |
Yıkılıp yeniden yapılabilir. |
Ökaryot hücrelerde çekirdek,
çekirdekçik, mitokondri ve kloroplastlarda; prokaryot hücrelerde ise
sitoplazmada bulunur. |
Ökaryot hücrelerde çekirdek,
çekirdekçik, sitoplazma, mitokondri, kloroplast ve ribozomlarda; prokaryot
hücrelerde ise sitoplazma ve ribozomlarda bulunur. |
Protein sentezine dolaylı olarak
katılır. |
Protein sentezine doğrudan katılır. |
DNA polimeraz ile sentezlenir |
RNA polimeraz ile sentezlenir. |
Hidrolizleri DNAaz ile olur. |
Hidrolizleri RNAaz ile olur. |
Yöneticidir. Emir verir. |
DNA’nın emirlerini uygular. |
Her türün diploit hücresinde miktarı
sabittir. |
Hücreden hücreye miktarı değişir. |
DNA’da gen bulunur. |
RNA’da gen bulunmaz. |
Gen
ve DNA ilişkisi
- Kalıtımı sağlayan materyalin küçükten büyüğe doğru sıralanması;
Azotlu organik baz ˂ Nükleozit
˂ Nükleotit ˂ Gen ˂ DNA ˂ Kromozom
DNA EŞLENMESİ (REPLİKASYON)
- DNA molekülü, her hücre bölünmesi öncesinde kendisini eşleyerek kalıtsal bilginin yavru hücrelere eşit miktarda aktarılmasını sağlar.
- DNA eşlenmesinin nasıl gerçekleştiğini ispatlamak için 1958 yılında Matthew Meselson (Methiv Meselsın) ve Franklin Stahl (Franklin Sıtal ) tarafından deneyler yapılarak farklı modeller test edilmiştir. Sonuçta DNA’nın her iki ipliğinin de kendisini eşleyerek yeni birer iplik oluşturduğu “yarı korunumlu (semikonservatif) eşlenme” modelinin doğruluğu ispatlanmıştır.
- Meselson ve Stahl, bakterilerin gelişme ortamlarına azotun izotopunu ekleyerek deneylerini yaptılar.
BİLGİ:
İzotop:
Atom veya proton numaraları aynı kütle numaraları farklı elementlere denir.
Örneğin 14N ve 15N birbirinin izotopudur.
BİLGİ:
- Bir DNA’nın her iki ipliğindeki azotların kütle numaraları 14 olursa (14N14N) buna normal azotlu DNA denir.
- Her iki ipliğindeki azotların kütle numaraları 15 olursa (15N15N) buna ağır azotlu DNA denir.
- Eğer bir zincirindeki azotun kütle numarası 14 diğer zincirindeki azotun kütle numarası 15 olursa buna da melez DNA denir
- Bu DNA’lar, santrifüj edildiğinde deney tüpünde farklı batnlaşmalar gösterirler. Ağır DNA’lar dibe çöker, melez DNA’lar ortada, hafif DNA’lar ise en üstte bantlaşma gösterirler.
Meselson
ve Stahl, tafından yapılan çalışmalar aşağıda özetlenmiştir:
a) Meselson ve Stahl
tarafından E. coli bakterileri azotun ağır izotopu olan 15N içeren
kültür ortamında birçok nesil boyunca üretilmiştir. Nesiller sonra ortamdaki
bakteri DNA'larının 15N izotopunu taşıdığı gözlemlenmiştir. Bu
bakterilerin DNA'ları ayrıştırılıp santrifüjlendiğinde DNA'ların tüpün dip
kısmında bir bant oluşturacak şekilde toplandığı görülmüştür.
b) DNA'larında 15N
bulunan bakteriler, 14N izotoplu azotun bulunduğu ortama
bırakılmıştır. Birinci üreme sonucunda bakteri DNA'ları ayrıştırılıp
santrifüjlendiğinde deney tüpünün orta kısmında bir bantlaşma olduğu
gözlemlenmiştir. Orta kısımda bantlaşmanın nedeni birinci bölünme sonucu
meydana gelen bakteri DNA'larının %100'ünün melez olmasıdır.
c) İkinci üreme sonunda
santrifüj edildiklerinde ise oluşan bakteri DNA’larının %50’sinin melez (14N15N)
olduğu, %50’sinin normal azot (14N14N) içerdiği, bu
nedenle de hem ortada hem üstte bantlaşma olduğu gözlemlenmiştir.
SONUÇ:
Çalışmaların sonucunda DNA'nın bir
ipliği aynen korunurken diğer ipliği yeniden sentezlenmiştir. Bunun sonucu DNA
kendisini “yarı korunumlu” olarak eşler denilmiştir.
BİLGİ:
Radyoaktif azotlu (15N’li )
bir DNA nın normal azotlu (14N) ortamda veya normal azotlu (14N) bir DNA nın
radyoaktif azotlu (15N’li ) ortamda birkaç kez eşlenmesi
soruluyorsa, DNA nın yarı korunumlu olarak eşlendiği dikkate alınır. Bu durumda
bu DNA kaç kez eşlenirse eşlensin; isterse 200 DNA oluşsun bu DNA lardan ikisi
melez geriye kalanlar ise ortam azotunu taşıyan DNA!’lar olacaktır.
DNA eşlenmesinin önemi:
- Hücrenin bölünmesini sağlar.
- Kalıtsal özelliklerin yeni hücrelere aktarılmasını sağlar
- Çok hücreli bir organizmanın tüm vücut hücrelerinin aynı genetik bilgiye sahip olmasını sağlar.
- Üremeyle kalıtsal özelliklerin oğul döllere aktarılmasını sağlar.
- Bazı organellerin (mitokondri ve kloroplast) hücre içinde çoğalmasını sağlar.
DNA EŞLENME MEKANİZMASI
- DNA eşlenmesinin başladığı özel bölgelere replikasyon orijini adı verilir.
BİLGİ:
Prokaryotlarda çembersel DNA da bir başlangıç ve bir bitiş noktası,
Ökaryotik hücrede ise çok sayıda başlangıç ve bitiş noktaları vardır.
Programda belirtilmiş DNA replikasyonunda görev yapan enzimler ve
görevleri:
Helikaz: DNA çift sarmalını replikasyon orijinleri
bölgelerinden iki kolu tersine büküp açan enzim.
DNA polimeraz: Açılan DNA zincirlerini kalıp olarak
kullanarak yeni DNA zincirinin oluşumunu sağlayan enzim.
DNA ligaz: DNA parçalarını birleştiren (yapıştıran) enzim.
Prokaryotlarda DNA replikasyonu
- Prokaryotlarda DNA çembersel olduğu için bir noktadan başlayan replikasyon, iki yönde ve her iki iplikte birden devam ederek DNA tamamen kopyalanıncaya kadar sürer.
BİLGİ:
DNA eşlenmesini sitoplazmada gerçekleştiren bir hücre kesinlikle prokaryot
yapısına sahip bir hücredir. Çünkü ökaryotik hücrelerin sitoplazmasında DNA
yoktur.
Ökaryotlarda DNA replikasyonu
- Ökaryotların DNA’ları doğrusaldır ve çok daha uzundur. Ökaryot DNA’larında replikasyon sırasında yüzlerce replikasyon orijini oluşur. Böylece DNA eşlenmesi daha kısa sürede tamamlanır.
- DNA eşlenmesi sırasında helikaz adı verilen enzim, çift sarmalın replikasyon orijinleri bölgelerine gelerek iki kolu tersine büküp açar. Arkasından DNA polimeraz enzimi, ayrılmış olan her DNA ipliğinin karşısına uygun yeni nükleotitleri sıralayarak kalıp DNA ipliklerine uygun birer DNA ipliği daha oluşmasını sağlar.
- Sentezlenen yeni iplikler farklı şekillerde uzar. DNA polimeraz enzimi, uzayan bir ipliğin sadece 3´ ucundaki nükleotidin karşısına yeni nükleotit ekleyebilir.
- Bunun için DNA replikasyonu, 5’ → 3’ yönünde ilerler; Kalıp olarak görev gören zincir 3’ → 5’ yönünde okunur. 3´→ 5´ yönünde uzanan kalıp ipliğin karşısına gelecek olan yeni iplik, 5´ ucundan 3´ ucuna doğru kesintisiz olarak sentezlenir.
- Diğer kalıp DNA ipliği ise 5´→3´ yönünde uzanır. Bu nedenle karşısındaki ipliğin kesintisiz bir şekilde sentezlenmesi mümkün olmaz. Replikasyon çatalı açıldıkça yeni iplik, 5´ ucundan 3´ ucuna doğru uzanan parçalar hâlinde sentezlenir. Oluşan parçaların bir süre sonra ligaz enzimi ile birbirine bağlanmasıyla kesintisiz bir iplik oluşur.
- Bu durumda yeni sentezlenen ipliklerden biri, ileriye doğru kesintisiz bir şekilde sentezlenirken diğeri parçalar halinde geriye doğru sentezlenmiş olur. Bu parçalara Okazaki parçaları adı verilmiştir
BİLGİ:
DNA replikasyonu (sentezi), 5’ → 3’
yönünde ilerler. Çünkü DNA polimeraz enzimi, uzayan bir ipliğin sadece 3´
ucundaki nükleotidin karşısına yeni nükleotit ekleyebilir.Kalıp zincir 3’ → 5’
yönünde okunur.
Hiç yorum yok:
Yorum Gönder